佛教发源于印度。印度佛教历史，自公元前五、六世纪至公元十二、三世纪，大约有一千八百年历史，总体上可分为三个时期。第一时期，为原始佛教和部派佛教，即小乘佛教时期。第二时期，主要是龙树－提婆中观学系与弥勒－无着、世亲的瑜伽学系两个系统，即大乘佛教时期。大乘实教原分显密两部。显部由文殊师利菩萨护持（即般若藏），称为显乘，或显教，义理直显心地法门故。密部由金刚手菩萨护持（即陀罗尼藏），称为密乘，或密教，义理甚深密故。金刚手原系法身菩萨，对于学人修密教将入上品悉地（成就之义）者，乃现身其前而为说法，佛灭后约八百余年，始由龙树菩萨见诸南天铁塔中，密乘从此昭著于世，直到七世纪时取得主导势力，公开流行。

    密教，又名“秘密教”、“瑜伽宗”、“金刚顶宗”、“真言乘”、“金刚乘”、“秘密藏”、“持明藏”、“总持藏”、“陀罗尼藏”、密乘、果乘等。该宗受法身佛大日如来深奥秘密教旨传授，为真实言教，行者依理事观行，修习三密瑜伽（相应）而获得悉地（成就），故名。

    自佛教传入中国以来，经过历史的演进，中国佛教至唐朝时已分为成实、俱舍、禅、律、天台、华严、法相、法性、净土、密等十宗。而在印度发源之地，大要只分两宗，曰显、曰密。显者显然心地也，密者深秘也。站在究竟圆满的佛法来讲实在则法无显密，乃因人而异，佛法本一味，直契如来心海，但应众生不同根器，唯以不同方法教导，此即因材施教。密教始祖为法身佛大日如来（又作毗卢遮那佛），大日如来传法金刚萨埵，是为密宗第二祖。金刚萨埵据大日如来内证法乐之境界集成密法之两部根本经典――《大日经》和《金刚顶经》，并将之纳入南天铁塔，以期待后世有缘者。释迦牟尼佛灭度后800多年时，龙树菩萨（亦翻译龙猛）开启南天铁塔，亲自从金刚萨埵得受密法，为第三祖。龙树传法给其弟子龙智，是为第四祖。又过数百年，龙智700多岁时，传法给善无畏与金刚智，是为第五祖，史称“开元三大士”的善无畏、金刚智及不空于中国盛唐时先后自印度来华广弘密法，并经一行、惠果等祖师的努力，将金刚界、胎藏界两部大法集于一身，是为“两部一具”，即是汉传佛教的密宗。