自佛教传入中国以来，经过历史的演进，中国佛教至唐朝时已分为成实、俱舍、禅、律、天台、华严、法相、法性、净土、密等十宗。而在印度发源之地，大要只分两宗，曰显、曰密。显者显然心地也，密者深秘也。站在究竟圆满的佛法来讲实在则法无显密，乃因人而异，佛法本一味，直契如来心海，但应众生不同根器，唯以不同方法教导，此即因材施教。密教始祖为法身佛大日如来（音译作摩诃毗卢遮那，又作毗卢遮那佛、最高显广眼藏、遍照王如来、光明遍照、大日遍照、遍一切处、遍照尊），大日如来传法金刚萨埵（与普贤菩萨同体，又称金刚手、金刚手秘密主、执金刚、持金刚、金刚持、一切如来普贤、普贤萨埵、普贤金刚萨埵），是为密宗第二祖。金刚萨埵据大日如来内证法乐之境界集成密法之两部根本经典――《大日经》和《金刚顶经》，并将之纳入南天铁塔（然其全息意义乃有情本身法界之塔也），以期待后世有缘者。释迦牟尼佛（化身佛）灭度后800多年时，龙树菩萨（亦翻译为龙猛）开启南天铁塔，亲自从金刚萨埵得受密法，为第三祖。龙树传法给其弟子龙智，是为第四祖。又过数百年，龙智700多岁时，传法给善无畏与金刚智，是为第五祖，史称“开元三大士”的善无畏、金刚智及不空于中国盛唐时先后自印度来华广弘密法，并经一行、惠果等祖师的努力，将金刚界、胎藏界两部大法集于一身，是为“两部一具”，形成唐密，即是汉传佛教的密宗。
密教源流
第一节 源于印度
佛教发源于印度。印度佛教历史，自公元前五、六世纪至公元十二、三世纪，大约有一千八百年历史，总体上可分为三个时期，即前、中、后三个六百年。
一、第一时期，前六百年，为原始佛教和部派佛教，即小乘佛教时期。这个时期佛教，由水路南传至斯里兰卡等东南亚各国成为南传巴利语系上座部佛教。传至中国，迄今仍在云南傣族等数个少数民族地区流行。
二、第二时期，中六百年，主要是龙树－提婆中观学系与弥勒－无着、世亲的瑜伽学系两个系统，即大乘佛教时期。这个时期佛教，分别由陆路及海路传至中国，又从中国传至朝鲜半岛、日本等东亚各国，成为北传汉语系佛教，迄今仍在东亚各国流行。
三、第三时期，后六百年，为密乘佛教时期。称此一时期为密乘佛教时期，并非说密乘从此时才开始流传。其实，早在公元二、三世纪时，密教就由龙树（亦称龙猛）菩萨付出，而后一直秘密流传，直到七世纪时取得主导势力，公开流行。
大乘实教原分显密两部。显部由文殊师利菩萨护持（即般若藏），称为显乘，或显教，义理直显心地法门故。密部由金刚手菩萨护持（即陀罗尼藏），称为密乘，或密教，义理甚深密故。金刚手原系法身菩萨，对于学人修密教将入上品悉地（成就之义）者，乃现身其前而为说法，佛灭后约八百余年，始由龙猛（即龙树）见诸南天铁塔中，密乘从此昭著于世。
第二节 三个阶段
从历史上看，密乘佛教可总体分为早、中、晚三期。
早期密教。一般称为杂密，即杂部密教之义，指密宗两部根本经典《大日经》与《金刚顶经》未结集流传前，由释迦牟尼佛显说于佛教经典各部中的密法及陀罗尼密咒等。随着中国译经事业的开展，早在西晋时已传至中国，主要有菩提流支及阿地瞿多两个从印度传来的密法系统。现在流行于汉族地区的许多单行密法，多是早期杂密，它是与显教各部经典的译传与各宗派的开创相联系而发展的，至今不绝。
中期密教。学术界称为纯密，即纯正密教之义，指由法身佛大日如来所传密宗胎藏界、金刚界两部大法，即两部根本经典《大日经》、《金刚顶经》结集传出后之密教。具体地说，就是由开元三大士善无畏（716年到长安）、金刚智、不空所传之印密，由中国僧人一行、惠果继传而后形成的“两部一具”之唐密，以及唐密分支：由日本僧人空海、最澄继承唐密而在日本分别开创的东密和台密。
唐密的两部大法，一曰胎藏界，系讲色法，说明物质世界的本体与现象，根据胎藏界根本经典《大日经》而建立胎藏界曼荼罗；《大日经》主要讲述密教的基本教义、各种仪轨和行法、供养的方式方法。二曰金刚界，系讲心法，说明精神世界的本体与现象，根据金刚界根本经典《金刚顶经》而建立金刚界曼荼罗。《金刚顶经》以大日如来为自受用身，宣传“五佛显五智说”，所谓“五佛显五智”是中央大日如来的法界体性智，东方阿閦如来的大圆镜智，南方宝生如来的平等性智，西方无量寿如来的妙观察智，北方不空成就如来的成所作智。其中最重要的是法界体性智，除了法界体性智外，其余四智都是唯识所转，采纳了瑜伽行派“转识成智”的思想。胎藏界与金刚界两部大法一为从因到果，一为从果到因，本为不二。既然不二，谈所谓的“金胎合曼”也就没有太大的必要了。
后期密教。学术界认为，“开元三大士”的入唐，致使印度本土可以传授金胎两部的具德阿阇梨乏人，为吸引信众并应对重新兴起的婆罗门教，后期印度密教不得已引入了婆罗门教的性瑜伽内容，并在后来陆续发展出了易行乘、幻化网、时轮乘，导致佛教被婆罗门教逐渐同化。自公元8世纪起，随着伊斯兰军队的逐步深入，中亚地区和印度的佛教陆续受到毁灭性打击。回教军队的屡次入侵与彻底摧毁，使佛教在公元12世纪末（约处于中国南宋宁宗时）在印度本土即告销声匿迹。学术界认为，后期印度密教由于弃舍了大乘戒律，性修成风，是导致佛教在印度灭亡的重要因素之一。
第三节 东传汉土
一、杂密的传入
在唐密创立之前，印度密教的经典、咒语已逐渐辗转传入中国内地，但这些真言密咒多数夹杂于各类经典中还没有组织成一个有系统的统一体系，因而只属杂密、杂咒范围，与盛唐译传的密教典籍所说有所区别。
陀罗尼经和真言咒经的汉译，始自三国时代。竺律炎译出有密咒的《摩登伽经》二卷，支谦译出《八吉祥神咒经》一卷、《无量门微密持经》一卷。西晋永嘉（307－313）中，西域僧帛尸梨蜜多罗来华，专门从事陀罗尼法门的传播，据说他本人善持咒术，常诵咒数千言，声音高畅，颜容不改。他译有《大灌顶神咒经》十二卷、《大孔雀王神咒经》一卷、《孔雀王杂神咒经》一卷等。自东晋起，对杂密的介绍逐渐增多。孝武帝（373－396在位）时，西域僧昙无兰译出《陀邻钵咒经》、《请雨咒经》、《止雨咒经》等二十余部。当时活跃于北方地区的佛图澄，“善诵神咒”（《高僧传》卷九《佛图澄传》）。昙无谶早年便“与同学数人读咒”，故而“明解咒术，所向皆验，西域号为大咒师”（《高僧传》卷二《昙无谶传》）。南北朝时期，密典的译传有增无减，当时来华的印度或西域僧侣，一般都兼习密咒。隋代阇那崛多的译经中，密典占有很大比重。那连提黎耶舍和达摩笈多两人对密咒都十分精通，如耶舍“每于宣译之暇，时陈神咒，冥救显助立功多牟”（《续高僧传》卷二）。入唐以后，菩提流志、实叉难陀等译家也各有若干密典翻译，就连玄奘、义净也都曾传译过密法。初唐诸大译家中，没有一人不译介密教典籍的。
随着密典译传的不断趋于繁盛，各种密咒汇编的总集也相继传入中国内地，如东晋失译《七佛八菩萨所说大陀罗尼神咒经》四卷、梁代失译《陀罗尼杂集》十卷。这类经典所宣传的密法便是“杂密”（与“纯密”相对，意为不纯或不系统的密法）。杂密的根本经典是《持明咒藏》，即所谓《金刚大道场经》十万颂，于唐代永徽三年（652年）由阿地瞿多译出，名为《陀罗尼集经》，共十二卷。
但在中国佛教史上真正产生重要影响，并形成一个宗派的，乃是把密教正式引入朝廷殿堂的“开元三大士”。当然，这并不意味着杂密的长期流传与后来密宗的建立毫无关系。恰恰相反，正是这些杂密的译传和流行，为“开元三大士”等人的传译纯密、建立密宗准备了各种条件。杂密虽不同于纯密，但在某些方面毕竟尚有相似之处。
二、汉传密教的形成
纯正密教正式传入中国开始于唐玄宗时期。玄宗开元年间，善无畏、金刚智和不空三位印度密宗大师先后来到中国弘扬密法，这就是历史上著名的“开元三大士”，中间经一行和惠果等的发扬，形成唐密。
三、东传日本
东密指流传于日本之唐密，因其是大日如来的真实言教，故称真言宗。开祖为弘法大师空海（774－835），根本经典为《大日经》（善无畏译）、《金刚顶经》（不空译），称为两部大经。另又依《苏悉地经》、《瑜祗经》、《释摩诃衍论》、《菩提心论》、《大日经疏》等经轨与论释。此外，空海大师自撰之《十住心论》、《秘藏宝钥》、《辨显密二教论》、《即身成佛义》、《声字实相义》、《吽字义》、《般若心经秘键》等亦极为重要。其教义大纲系讲说六大（体）、四曼（相）、三密（用）等三大圆融，建立两部曼陀罗，而以‘即身成佛’为其主旨，自空海极力弘传，依据显密二教判与十住心而建立横竖二判之纯密教，以表示胜于其它诸宗。可见，东密完全承袭唐密，也就是说，东密就是原汁原味的唐密，同时，十分重视空海大师的思想。密宗虽衰绝于印度、唐密不显中国，却于日本直传至今，实乃不幸中之大幸。延历二十三年（804年），空海和尚入唐，师事七祖惠果，惠果大阿阇梨将密法无遗地传于空海和尚，是为唐密八祖。空海大师于大同元年（806年）返国后，先于高雄山寺造坛灌顶（弘仁元年，810年），又于高野山建立真言宗根本道场（弘仁七年），后再得赐东寺（即教王护国寺），建立灌顶道场（弘仁十四年），遂又称真言宗为东密。 东密祖庭高野山根本大塔 东密门人甚多，以真济、真雅、实慧、道雄、圆明、真如、杲邻、泰范、智泉、忠延等十人最为杰出，或媲美为世尊之十大弟子。空海与此等门人大扬宗风，而予日本平安时代社会各阶层以极深之影响。空海寂后百年顷，事相之传承分成小野、广泽两大流派。然中世以来，一些真言宗的僧众提出，大日如来的本地身不说法，说法的是大日如来的加持身，这一见解有别于传统法义，由此形成了新义真言宗一派，相应称坚持传统法义者为旧义真言宗。究其实质，新旧义的区分缘于对佛法特别是密法欠缺真正体悟，只是执着于文字相，于修证没有丝毫意义。
密教发展历程
七世纪后半，印度佛教进入全盛期，已有经有教，有轨有仪，真正密教方始开展，以真言、陀罗尼为中心而增益大乘佛教哲学，以奠定其基础。此为纯正密宗，纯密以大日经、金刚顶经为主。在七世纪后半时，成立于中印度之大日经，将杂密经典所说诸尊以大日如来为中心，集大成而成胎藏界曼荼罗。其理论可能承自华严经之说法，主张在现实之事相上，直观宇宙真相。金刚顶经成立稍晚，流行于南印度，系传自佛教瑜伽派之说，以心识为中心而言五相成身（在心身中具备五相与本尊同一之观法）。以此二经为代表之纯密，在印度不久即告消灭。八世纪时，纯正密教由开元三大士传至我国，后经惠果阿阇梨及日本空海大师传至日本成为如今纯正密教真言宗的惟一血脉。
密宗东传，当以东晋帛尸梨蜜多罗译大灌顶经、孔雀王经为经典。三国吴之支谦所译八吉祥神咒经、无量门微密持经、华积陀罗尼神咒经、持句神咒经、摩诃般若波罗蜜咒经、七佛神咒经等亦颇著名。唐以前与密宗关系最深者则推东晋竺昙无兰，译有陀邻钵咒经、摩尼罗亶神咒经等凡二十五部，皆属密宗经典。唐时译密经最多者为义净三藏，有观自在菩萨如意心陀罗尼经、曼殊室利菩萨咒藏中一字咒王经、称赞如来功德神咒经等十余部。唐开元三大士（善无畏、金刚智、不空）传来纯密之前，中土业已广译密宗经典，此外，显教经典中之咒文陀罗尼尤不胜枚举。东晋帛尸梨蜜多罗译出大灌顶神咒经，咒术灵验，首都建康盛行咒术，此后杂密更不断传译。
唐玄宗开元年间（713～741），善无畏、金刚智二纯密大师先后于长安译出根本经典，建立灌顶道场，我国密宗于是真正成熟。另有不空、一行、惠果、辨弘、慧日、惟上、义圆、义明、空海、义操、慧则等，传持纯密。其中，日本空海（弘法大师）于贞元二十年（804）来唐，就惠果受法，返国后，持弘不绝，是为日本真言宗之祖。会昌法难之后，加以唐末五代兵燹不断，战乱频仍，密宗坛场仪轨销毁殆尽，不过，这并不意味着唐密开始消逝， 幸有惠果阿奢黎得金胎二部之法嗣，如惠应、惠则、惟尚、誓弘、惠日、空海、义满、义明、义照、义超、义愍等继续弘扬，但是真言宗道场各种法器，佛像，曼陀罗等损失严重，无法恢复如初，故后代祖师将唐密和禅宗互相融合，形成禅密一体的独特密法。
由于佛教多次受到灭佛的打击，故祖师隐秘传承法脉，得以延续至今，世人皆以为唐武宗灭佛后，唐密逐渐式微，虽宋时虽有施护、法贤等师传其法，至元则绝矣。其实，密教并未消亡，而是隐入山中，秘密传承。为外人所不知。外界多认为唐密东传于日本，殊不想惠果阿奢黎杰出之弟子众多，持金胎两部大法者不在少数，虽经历法难，但身为汉人又持龙树菩萨一脉相传之真言法教，怎能让密法传承在自己这里断绝，怎么会让唐密在汉地绝响？宋代法贤、施护，法天等，传译密宗经轨，亦未能光大久远。且此时之密宗已异于唐代，唐代密宗可谓为有体系之综合密宗，宋代则是分化的、通俗的，以崇拜特定之本尊，诵持其真言陀罗尼为主，如宣扬宝箧印陀罗尼、观音六字明咒、准提咒等即是。又宋代因输入时轮怛特罗之印度密宗，故以威猛之忿怒明王本尊较多。
元代定喇嘛教为国教，喇嘛教实即以密宗为骨干之西藏佛教，其后以元帝室过分优待喇嘛教，导致腐化，乃有宗喀巴之改革，而形成新旧之黄教、红教。密教鼎盛于七世纪时，至十一世纪印度佛教衰亡止，在中印度颇为兴盛，融入性力派（梵Saktah）教说之后，成为左道密教，此派尤其强调散见在纯密金刚顶经中之大乐说（梵mahasukha -vada ）。八世纪以来，传入西藏，遂成为喇嘛教之骨干。至十、十一世纪时，其部分经典已在中国流传并翻译，但在思想上则未产生影响。
因此从发达史而言，杂密先兴起，继而纯密集大成，与纯密平行者，为融入印度性力派等教说之左道密教。据传，谓大日如来越三世之一时，于色究竟天之法界心殿，对金刚萨埵等从心流出自内证之内眷属，为自受法乐而宣说大日经，又于真言宫殿宣说金刚顶经，后由金刚萨埵结集之（日本台密谓阿难亦参加）。后于佛陀入灭后约八百年顷，龙猛（龙树）菩萨施咒于七粒白芥子，以之打开十六丈（表示金刚界之十六菩萨）南天竺之铁塔，亲从金刚萨埵受两部大经（台密则称大日经系于铁塔外由文殊菩萨所传授）。后龙猛传予龙智，复经七百年左右（相传龙智岁寿七八百年），再授大经于善无畏。故密教以龙猛为开山祖师，根本教典为大日经及金刚顶经，信奉之教主系大日如来（大毗卢遮那佛），与释尊之说法不同，故自称为金刚乘。